La nature, maîtresse de petitesse. Les microbes présents dans l’organisme vivant (le microbiote) 1/3

La nature nous enseigne que les petits sont non seulement utiles, mais indispensables ; ils sont non seulement nécessaires à certains moments, mais constamment ; ils le sont non seulement pour certains vivants, mais pour tous, les plantes, les animaux et les hommes [1]. Pour le montrer, nous allons étudier le microbe, non pas en lui-même, mais dans sa relation avec les autres vivants. Triple, voire quadruple va donc être la nouveauté, voire la révolution, introduite dans notre vision de ce monde des microorganismes. La première touche l’être, et donc le vrai : nous allons passer d’une vision autonomiste ou plutôt indépendantiste et individualiste où les grands organismes vivants (végétaux, animaux et humains) vivent bien séparément des microbes, à une vision relationniste, systémique, holiste, qui noue les liens plus étroits et mutuels entre les deux types de vivants. La deuxième concerne le bien : nous allons transiter d’une vision massivement négative du microbe vu comme un agent pathogène à une vision massivement positive où le microbe, notamment la bactérie devient un partenaire bienfaisant et absolument nécessaire. De ce deuxième changement en découle un troisième concernant notre relation au microbe : nous allons nous convertir d’une vision massivement polémique (du grec polémos, « guerre ») ou agonistique (du grec agonè, « combat ») de ce petit monde où primerait la compétition à une vision massivement collaborative, voire « amorisée » où prime la coopération, ce passage étant autant théorique (et concernant donc la vision darwinienne centrée sur la lutte) que pratique (et présentant des incidences sur notre pratique médicale et hygiénique). Et derrière cette « conversion » intellectuelle se joue une dernière « conversion », affective : passer de la peur de ces « petites bébêtes » invisibles qui pulullent à l’émerveillement pour ces « petits » qui œuvrent à notre service jusqu’à disparaître non seulement à nos yeux, mais dans leur être.

Nous allons nous aider des travaux et de la vision remarquables de Marc-André Selosse, professeur-chercheur au Muséum national d’histoire naturelle à Paris et professeur invité à l’université de Gdansk en Pologne, et à l’université fédérale de Viçosa au Brésil, éditeur de revues scientifiques en sciences naturelles [2]. Spécialiste de la symbiose [3], il a rédigé un ouvrage qui n’hésite pas à conjuguer les informations scientifiques les plus précises et les plus rigoureuses, avec la vision la plus large et la plus philosophique [4], où nous allons puiser (1), non sans prendre du recul avec son interprétation (2), afin d’en proposer une autre, inspirée par la métaphysique (3) et l’amour-don (4).

Pour une première approche du microbiote, je renvoie à l’autre article sur le site, plus bref et plus général : « Le microbiote humain. De l’interprétation polémique à l’interprétation systémique ».

1) Exposé scientifique

a) Thèse

Tous les vivants dépendent intimement et nécessairement des microbes.

Chaque concept de cette problématique mérite d’être pris en compte. Comme il s’agit d’une relation (« dépendent »), il convient d’en considérer les trois termes : les deux corrélatifs et la relation elle-même.

Microbes doit s’entendre non pas au sens flou qui est celui de l’usage courant, mais au sens intentionnellement large du scientifique et vulgarisateur qui recouvre tous les microorganismes, en particulier : bactéries (qui sont des procaryotes), algues (qui sont autant procaryotes qu’eucaryotes), champignons (qui sont des eucaryotes), virus (qui, parasites obligatoires, ont un statut ambigu) – que la biologie distingue aujourd’hui des deux grandes catégories traditionnelles, végétaux et animaux [5].

Les vivants regroupent tous les êtres organiques autres que ces microbes, c’est-à-dire surtout les végétaux, les animaux et les hommes, ainsi que leur ensemble, c’est-à-dire l’écosystème. Mais ils concernent les microbes aussi eux-mêmes qui peuvent bénéficier de cette dépendance : par exemple, une bactérie peut héberger un virus avec lequel elle vit en symbiose.

Cette dépendance est une relation d’un type particulier. On peut la notifier à partir de différentes caractéristiques. Primo, il s’agit d’une relation fondée sur le don, c’est-à-dire sur la donation et la réception. Secundo, il s’agit d’une relation réciproque ou mutualiste (symbiose), et non pas d’une relation asymétrique (parasitisme). À ce sujet, existe une querelle terminologique. Le terme symbiose présente une signification large qui recouvre les deux types d’interaction : symétrique et asymétrique ; et une signification restrictive qui réserve le sens de ce terme aux seules interactions à bénéfices mutuels. Le français adopte le sens restreint, alors que l’étymologie, autant que l’usage anglais adopte le sens large. Aujourd’hui prévaut ce deuxième sens (large), qui est aussi celui des travaux d’Anton de Bary en 1879 [6]. En effet, si le terme est apparu sous la plume du biologiste allemand Albert Bernhard Frank (1839-1900), qui propose le terme de « Symbiotismus » en 1877 [7], il ne prend son envol que par les travaux de son collègue et compatriote – qui d’ailleurs ne le cite pas ! – de Bary (1831-1888), qui étudie au microscope les stades de croissance et de reproduction des lichens, et constate que ceux-ci sont l’association entre une algue et un champignon ; dès lors, il définit la symbiose comme la vie en association de différentes espèces [8], incluant donc le parasitisme [9]. Tertio, il s’agit d’une relation intime : les deux termes sont intimement unis, voire l’un des deux peut être intériorisé dans l’autre (on parle alors d’endosymbiose).

Enfin, cette relation active exprimée par le verbe est modulée par une modalité qui est elle-même signifiée par un adverbe, ici nécessaire. Cette nécessité signale que cette relation n’est pas accidentelle ou rare, mais constitutive de l’opération, plus, de l’être, du vivant. Par voie de conséquence, elle est non seulement fréquente, mais constante.

b) Quelques présupposés concernant les microbes

Même si notre propos est d’étudier les relations entre les microbes et les grands organismes, relevons quelques données quantitatives propres aux microbes.

1’) Les bactéries

La bactérie est un être vivant (c’est-à-dire possédant les trois opérations caractéristiques : nutrition, croissance et reproduction), unicellulaires (ce qui est une conséquence obligatoire : tout être animé est des trois parties intégrales composant la cellule : membrane externe, cytoplasme et noyau) et procaryote (dont le noyau est dénué de membrane le distinguant du cytoplasme).

On estime qu’existent sur la Terre 10 000 milliards de milliards de milliards (1031) de bactéries, soit un milliard de fois plus que d’étoiles (100 milliards de galaxies contenant chacune 100 milliards d’astres) [10].

Un seul gramme de notre sol compte plus d’1 milliard de bactéries et celles-ci appartiennent à plus d’1 million d’espèces différentes.

Un millilitre d’eau océanique contient, quant à lui, de 10 000 à 1 million de bactéries.

2’) Les champignons

Le champignon est un être vivant eucaryote unicellulaire ou pluricellulaire. Son statut est original. D’un côté, comme le végétal, il est pourvu d’une paroi chitineuse ou cellulosique, immobile et autotrophe (il se nourrit de molécules organiques directement prises dans le milieu). De l’autre côté, contrairement au végétal, il est dépourvu de chlorophylle et/ou de plaste, donc est hétérotrophe vis-à-vis du carbone (d’où, nous allons le voir, leur connexion aux plantes). En fait, aujourd’hui, à cause de son ambiguïté, le terme « champignon » désigne un taxon obsolète.

Quoi qu’il en soit, leur nombre est impressionnant : un gramme de sol héberge de mille à cent mille espèces de champignons.

3’) Les algues

L’algue est un être vivant capable de photosynthèse (donc, de prime abord végétal) et aquatique (son cycle de vie se déroule en général dans l’eau) et elle est la base principale des chaînes trophiques présentes dans les eaux douces, saumâtres et marines.

Leur nombre dépasse le millier par millilitre. Ainsi, avec les bactéries, elles pulullent dans les eaux qui sont loin d’être aseptisées. Et les deux représentent 90 % de la biomasse marine totale.

b) Un fait végétal : le mycorhize

Pour montrer la thèse, nous allons procèder à une induction à partir de quelques cas exemplaires, tirés des différents règnes : végétal, animal, humain.

1’) Les objections

De prime abord, un partenariat d’un champignon avec une plante est au mieux anecdotique, donc inutile ou, au pire, coûteux, donc dangereux. En effet, les racines doivent fournir aux champignons des vitamines. On a même calculé que l’entretien de ces mycorhizes engloutit 10 % du produit total de la photosynthèse de la plante pour les endomycorhizes et de 20 à 40 % pour les ectomycorhizes.

De plus, nous avons tous appris que les racines des plantes ont des cellules qui sont dotées de « poils absorbants ». Or, le poil accroît la surface, donc la communication et l’échange. Donc, la plante a tout ce qu’il faut pour être autonome. Autrement dit, le recours à un champignon ne présente aucun avantage.

2’) Les faits

a’) Faits solitaires
1’’) Les champignons

Le fait est aujourd’hui largement documenté : presque toutes les racines des plantes sont associées à des champignons : en l’occurrence « 90 % des plantes dépendent de champignons [11] ». Au point qu’un nouveau mot a été inventé, le mycorhize (du grec mukes, « champignon », et rhiza, « racine »). Celui-ci se présente sous deux formes : ecto- et endomycorhize