1) Introduction
Aujourd’hui encore, pour la majorité du grand public, qui dit microbe dit saleté, infection, donc danger. L’image attachée aux bactéries, aux champignons et aux virus est seulement négative. Pourtant, ces dernières années, notre compréhension de la vie minuscule a radicalement changé. C’est ce qu’atteste le changement de vocabulaire. Autrefois, l’on parlait de « flore intestinale » et aujourd’hui de « microbiote » [1].
Pour le dire sous un autre point de vue, la vie, animale et aussi végétale, n’est pas seulement extérieure à l’homme, elle lui est aussi intérieure, et même en un sens beaucoup plus radical que nous ne l’imaginons, ainsi que nous le verrons.
Nous allons considérer la conception encore très présente du microbiote, négative et autonomiste, que nous qualifierons de polémique (2), puis nous envisagerons la nouvelle conception, positive et interactionniste, que nous qualifierons de systémique (3), avant d’en proposer une interprétation philosophique (4), voire d’en ébaucher une lecture théologique (5).
2) L’interprétation polémique
Polémique vient du grec polémos, « guerre ». Or, dans la première conception de notre micropeuple intérieur, celui-ci est considéré négativement au mieux comme étranger à l’organisme qui l’héberge, au pire comme notre ennemi, donc comme celui que l’on doit combattre.
a) Naissance
Nous n’entrerons pas dans le détail. Nous retiendrons seulement un fait. En 1885, Louis Pasteur (1822-1895) injecte de la moelle épinière de lapin atteint de la rage à un enfant victime de morsures d’un chien enragé. Or, ce traitement prévient tout développement de la maladie. Le physicien et chimiste devenu microbiologiste a ainsi réalisé le premier vaccin contre la rage, ouvrant des perspectives très prometteuses pour les autres maladies infectieuses.
L’esprit humain n’a pas tardé à étendre et généraliser, à bondir vers l’universel : éradiquer tous les agents infectieux pathogènes et, sinon, prévenir leur infection en immunisant le patient (par la vaccination).
b) Âge d’or
Comment nier les réussites progressives et admirables de cette nouvelle approche de l’infection ? Dans nos pays, les épidémies vont très sérieusement régresser au point de devenir l’exception. Alors qu’elles étaient la première cause de décès jusque et qu’elle le demeure dans les pays en voie de développement, elles sont largement dépassées par les maladies cardio-vasculaires et maintenant les cancers.
L’expansion de cette méthode va se réaliser dans un double domaine : curatif (les traitements comme les antibiotiques) et préventif (les vaccins).
Ici, le microorganisme est à la fois autre (extérieur) et adversaire à combattre, voire ennemi à abattre.
c) Limites de cette explication
Cette interprétation va progressivement changer, au moins dans le monde scientifique. Cette mutation est notamment liée aux échecs répétés du schème polémique [2].
Tout d’abord, on observe une augmentation des infections nosocomiales. Ensuite, l’éradication prévue, attendue n’est pas au rendez-vous. Il manque de nouveaux antibiotiques. On constate aussi que certaines molécules diffusent mal dans certains tissus. Pire encore, l’éradication est contreproductive : elle engendre son contraire. Quand les antibiotiques abondent, les résistances (liées aux mutations) surabondent. Bref, on aboutit à une sorte d’impasse thérapeutique.
Peut-on supposer aussi un rôle joué par la littérature de science-fiction, notamment du sous-genre dystopique (film post-apocalyptique) ? L’on sait que bon nombre de chercheurs en sont friands. De plus, elle s’est démocratisée, est devenu d’accès encore plus large par le cinéma. Or, elle affronte largement, de manière prédictive et parfois réellement prophétique, en tout cas dans un registre aujourd’hui volontiers dramatique, voire moralisant la portée des expériences humaines sur le génome et les microorganismes (que l’on songe à la multiplication des films post-apocalyptiques dues à des invasions infectieuses dues à l’homme et dépassant celui-ci).
3) L’interprétation systémique
Peu à peu s’introduit donc une nouvelle vision : la bactérie et le virus que nous portons dans nos intestins n’est plus un autre, mais un hôte (à accueillir et préserver) ; il n’est plus un adversaire, mais un ami, un coopérateur, voire une partie de notre être corporel. Nous passons donc d’une représentation agonistique, dramatique à une représentation systémique, voire holistique, sans nier l’identité substantielle. Cette image inédite présupposait la mise en place de nouvelles techniques.
a) Nouvelles techniques
Ces nouveaux résultats sont liées à la mise en œuvre de nouvelles techniques. En effet, 70 à 80 % des bactéries présentes dans le tube digestif sont anaérobies, de sorte que la présence d’oxygène leur est toxique. Or, les techniques de culture en laboratoires sont adaptées aux microorganismes capables de vivre à l’air libre, c’est-à-dire en présence d’oxygène. Il a donc fallu invener de nouvelles méthodes. C’est ainsi que Pierre Raibaud et Robert Ducluzeau, de l’INRA de Jouÿ-en-Josas, ont conçu les premiers systèmes de culture anaérobie, au début des années 1970.
Une autre méthode, fort utile, consiste à travailler par comparaison : avec des organismes dépourvus de flore intestinale. Pour cela, furent mises au point des animaleries stériles où des animaux (avant tout des rongeurs) sont élevés sans aucun contact avec la moindre bactérie. Or, l’on a constaté que ces souris présentaient des problèmes, digestifs et immunitaires, considérables. L’on a donc conclu que le microbiote joue un rôle important et positif pour l’organisme humain.
Une nouvelle méthode, celle de la taxonomie moléculaire, a pour but d’identifier les bactéries présentes dans le microbiote sans avoir besoin de le cultiver. Elle se fonde sur le fait que l’ARN 16S est une séquence qui est à la fois différente selon les espèces et proche pour signaler une parenté, donc l’appartenance à un grand groupe bactérien. La technique consiste à prendre un échantillon de microbiote (par exemple à partir de selles), à purifier l’ADN qui y est présent et à rechercher toutes les variantes possibles de la séquence d’ADN qui code pour l’ARN 16S. Dès lors, il a été possible d’identifier les grands groupes bactériens présents, en l’occurrence les deux qui vont être indiqués.
Une autre technique est ambitieuse et beaucoup plus globale : analogiquement au programme de séquençage du génome humain, il a pour but de séquencer l’ensemble du génome bactérien présent dans notre microbiote. L’initiative est celle de Dusko Ehrlich, lui aussi de l’INRA de Jouÿ-en-Josias, qui a monté un consortium européen. Le projet, appelé MetaHIT, fut lancé fin 2008 et devrait prendre fin en 2012.
b) Les hôtes (les microorganismes)
Deux traits notables les caractérisent : leur quantité et leur variété spécifique.
1’) Quantité
L’on estime que l’homme compte de 10 à 100 fois plus de bactéries que de cellules. En effet, 60 000 millards de cellules composent notre organisme. Or, le tube digestif abrite 100 000 milliards de bactéries, soit environ 1 kilogramme, soit 100 milliards de bactéries par gramme de selles humaines. Lynn Margulis affirme ainsi que « 10 % du poids sec d’un être humain est composé de bactéries [3] ».
2’) Variété spécifique
La diversité génétique des bactéries est encore plus impressionnante. L’on ignore le nombre d’espèces présentes dans nos intestins, car il est impossible de cultiver et donc d’isoler ces bactéries anaérobies. En revanche, il est plus aisé de faire un calcul global : le nombre de gènes bactériens présents dans le microbiote est d’environ 3,3 millions, soit 100 à 150 fois plus que nombre de gènes (20 000 à 30 000) du génome humain ! De là, on pourrait déduire que ces gènes correspondent à 1 000 à 1 150 espèces différentes.
La variabilité interindividuelle est beaucoup moindre qu’on ne le croit usuellement. Autrement dit, les gènes de la flore intestinale sont relativement similaires d’une personne à l’autre. En effet, environ 40 % des gènes seraient communs, selon un résultat intermédiaire en 2010 [4].
Les microorganismes présents dans le microbiote de notre tube digestif sont principalement de deux sortes : bactéries et virus. Les deux groupes bactériens principaux se retrouvent : les Bacteroidetes et les Firmicutes. Parmi les virus, les virus bactériophages semblent très nombreux.
c) Relation à l’organisme humain qui héberge
La vie microscopique ne nous est pas seulement extérieure, mais intérieure. Elle l’est même doublement. Tout d’abord, elle est interne topologiquement, dans la mesure où elle est hébergée ; toutefois, elle demeure encore autre ; or, l’on sait aujourd’hui qu’elle est intégrée à notre organisme, autrement dit interne à celui-ci, donc qu’elle en fait partie, au dedans.
Les bactéries sont présentes sur la peau, dans le vagin et surtout dans le tube digestif (bouche, œsophage, estomac, principalement dans les 1,50 mètres de côlon). Mais la diversité des espèces varie beaucoup. Pour en demeurer aux espèces dominantes, le côlon en héberge 195, la bouche, 56, la peau 48, l’œsophage 43, l’estomac 25 et le vagin 5.
Le Projet de séquençage du génôme humain a montré que 8 % de l’ADN humain est constitué de vestiges de gènes transmis par des virus. En effet, les virus ont infecté autrefois les cellules rporductrices des simiens. L’immense majorité n’est plus active. Toutefois, quelques gènes le sont encore, notamment deux.
d) Finalités du microbiote
Centrons-nous sur le microbiote, autrement dit sur les bactéries intestinales qui sont, de loin, les plus connues parce que les plus étudiées. Les microorganismes participent à différentes fonctions. En fait, le nombre est considérable. C’est ainsi que, selon le résultat partiel du projet MetaHIT, les gènes codant telle ou telle protéine connue sont au nombre de 19 000 ; or, ces protéines ont une fonction spécifique. Il est donc impossible de présenter même une ébauche des fonctions assurées par le microbiote. On ne peut qu’esquisser vaguement un cadre.
1’) Aides fonctionnelles locales
Certains offices sont locaux. C’est ainsi que les bactéries intestinales servent à digérer. En effet, les aliments qui arrivent dans l’estomac sont mélangés au suc gastrique et les protéines y sont partiellement digérées. Puis les aliments passent dans l’intestin grêle où la plupart des trois nutriments de base (glucides, lipides et protéines) sont digérés par le suc pancréatique et les enzymes présentes chez le entérocytes. Les aliments ainsi digérés sont alors assimilés (la digestion est l’opération préparatoire qui se déroule en dehors de l’organisme, dans la lumière intestinale, alors que l’assimilation intègre, fait passer de l’extérieur à l’intérieur). Mais il demeure encore trois types de molécules qui ne sont pas digérées : les fibres végétales (entre 10 et 60 grammes par jour), quelques protéines (de 1 à 2 grammes) et d’autres molécules comme les glucosinolates. Or, ces différentes biomolécules qui passent dans le côlon vont être digérées et assimilées grâce aux bactéries qui y sont particulièrement nombreuses. Non sans en tirer leur propre profit. Par exemple, les bactéries anaérobies transforment les fibres végétales en acides gras à chaîne courte (butyrate, acétate ou proponiate) par la fermentation : d’un côté, les entérocytes les assimilent et en tirent de l’énergie ; de l’autre, la fermentation produit du gaz qui est utilisé par les bactéries. Autre illustration : les 1 ou 2 grammes de protéines à la fois constitue la principale source d’azote des bactéries et de l’autre, sont dégradées par celles-ci qui en tirent notamment des acides aminés dit essentiels car ils ne sont pas synthétisables par l’organisme humain.
D’autres finalités fonctionnelles locales concernent des organes à distance. C’est ainsi que les protéines virales intégrées dans notre génome comportent deux gènes jouant un rôle dans la constitution du placenta, notamment par le biais de leurs propriétés syncytiales [5].
2’) Aides fonctionnelles globales
D’autres aides sont globales. Ces microorganismes entérocytaires présentent aussi une finalité immunitaire.
Ils exercent aussi une fonction antibiotique (!). Si l’on sait que les bactéries sont sources d’infection, on oublie qu’elles sont aussi sources, paradoxalement, de traitements contre celles-ci. Il y a d’abord un rôle antibiotique par accident, lié à l’utilisation des bactéries par la technologie humaine. En effet, les bactéries du sol du genre Streptomyces sont employées depuis 1943 pour fabriquer des antibiotiques : précisément, 70 % de ceux-ci sont fabriqués par voie bactérienne.
Mais il y a plus. Cette propriété antibiotique n’est pas seulement artificielle mais naturelle : certains virus détruisent les bactéries. Voilà pourquoi on les appelle « bactériophages » [6]. C’est le microbiologiste Félix d’Hérelle (1873-1949), français d’origine et ayant émigré au Québec, qui a découvert cette fonction et inventa la phagothérapie en utilisant ces virtus pour traiter des patients atteints d’une dysenterie d’origine bactérienne [7]. La phagothérapiephagothérapie est donc un traitement antibactérien qui utilise l’activité bactériolytique des bactériophages. Bien que la phagothérapie ait été supplantée par l’antibiothérapie, elle trouve un regain d’intérêt depuis une dizaine d’années auprès des chercheurs français, américains et australiens, face à la montée de la résistance chez les bactéries [8].
3’) Aide structurale
Le microbiote intestinal régule le développement de la paroi de l’intestin. L’expérimentation sur les souris stériles montre que, sans lui, les parois sont plsu fines et présentent un réseau sanguin moins dense.
4) Interprétation philosophique
a) Les deux interprétations erronées
Nous avons parlé de l’interprétation polémique ; en fait, symétrique à celle-ci se fait jour une interprétation non seulement positive, mais holistique jusqu’à être relationniste.
1’) L’herméneutique de la rupture
Elle est héritée du dualisme introduit par la modernité entre la nature et l’esprit. Dualisme qui fait de la nature non seulement l’autre, mais aussi parfois le négatif de l’esprit. D’où la relation de domination.
Il semble que cette interprétation soit implicitement habité par une symbolique de la pureté, qui s’identifie pour une part à un refus de la pluralité comme bien, un durcissement du primat de l’un comme indivision. On retrouve ce mythe de la pureté à tous niveaux, y compris dans la conception de la matière. Or, l’eau pure est imbuvable ; Dagognet a montré que la matière jouit de beaucoup plus de propriétés grâces à ses « impuretés ».
2’) L’herméneutique de la continuité
Symétriquement à la conception polémique qui fait du microbiote l’autre ennemi, l’on pourrait passer à une conception symbiotique qui laminerait toute différence entre les microorganismes et nous : leur hébergement (où ceux-ci nous demeurent autres) et leur intégration génomique (où ceux-ci deviennent mêmes) pourraient faire croire à une sorte de fusion et de continuité entre ceux-ci et nous. Voilà pourquoi, pour signifier la différenciation, nous parlons de schème systémique ou écologique, mais non symbiotique.
Le risque propre de cette interprétation est multiple : au plan ontologique, nier la substance humaine et la hiérarchie des vivants ; au plan axiologique, devenir quiétiste, refuser l’apport des traitements contre les débordements bactériens.
b) La juste interprétation
La question qui se pose est celle-ci : le microbiote fait-il ou non partie de l’organisme humain ? C’est ainsi que les chercheurs considèrent aujourd’hui de plus en plus le microbiote « comme un organe à part entière », selon les mots d’un chercheur de l’INRA, Philippe Langella [9]. Toutefois, hors l’intégration du génôme viral, ces bactéries demeurent sinon extérieures au corps, du moins en discontinuité : au plan microscopique, il est possible d’observer leur différence d’avec notre organisme.
Répondre à cette question suppose de réviser, élaborer à frais nouveaux plusieurs concepts et même questions : celle des relations entre dedans et dehors, entre continu et discontinu comme critères de substantialité, celle de parasitisme, etc.
La question est aussi pratique. Comment agir vis-à-vis des micro-organismes ? Coopérer avec eux, beaucoup plus (la phagothérapie semble prometteuse) ; se refuser à une guerre totale, quasi-ethnique, par purification ; néanmoins, continuer à être vigilant, voire participer en développant le génie génétique.
c) Logique du don
La relation entre microbiote et organisme humain ou plutôt intestin me semble être de don réciproque, d’échanges de don. L’apport des bactéries n’est pas gratuit. L’avantage est mutuel. Ce mutualisme est développé dans l’article sur le site : « La nature, maîtresse de petitesse. Les microbes présents dans l’organisme vivant (le microbiote) ». Autrement dit, l’intégration apparaît comme un mécanisme essentiel de l’évolution.
5) Relecture théologique
Osons deux ouvertures analogiques dans le domaine théologique, précisément de la théologie trinitaire. Pour être pleinement interprétées, elles requerraient l’élaboration de ce que j’appelle une induction scalaire. Nous ne ferons que les évoquer.
La présence du microbiote donne à penser du point de vue pneumatologique. Nous avons vu que la nouvelle perspective ouverte par le microbiote montrait que le monde bactérien et plus encore viral était présent hors de l’homme, mais aussi en l’homme, voire s’inscrivait au plus intime dans son génome. Or, le propre de l’Esprit-Saint est d’intérioriser le Christ : « L’Esprit – dit Jésus – reçoit ce qui vient de moi pour vous le faire connaître » (Jn 16,15). Autrement dit, il est de faire le lien au dedans et au dehors. Selon les mots de saint Bonaventure, l’Esprit imprime en nous (impressio) ce que Jésus exprime au dehors de nous (expressio).
La présence du microbiote gagne à être pensé à partir de la positivité de la pluralité intradivine. En effet, le mythe de la pureté qui, plus que l’individualisme, sous-tend, le schème polémique (soigner une infection, c’est nous purifier du germe) est ultimement réfuté par la révélation de la pluralité des Personnes divines. Le dogme trinitaire a obligé à renverser le principe grec d’une imperfection intrinsèque du pluriel. Désormais, non seulement le Multiple ne peut plus être une dégradation (une chute) de l’Un, mais il constitue une perfection transcendantale, ce que les philosophes païens ne savaient pas.
6) Conclusion
Ainsi, nous sommes appelés à passer d’une vision négative du microbiote à une vision positive. Derrière ce déplacement de paradigme se joue des mutations qui sont presque des conversions : passage d’une conception centrée sur l’individu et unilatéralement hiérarchique, voire dominatrice, à une conception centrée sur l’interaction entre les individus, plus horizontale et mutualiste.
Ne nous cachons pas toutefois que, comme tout paradigme inédit, l’interprétation systémique s’est posée en s’opposant. Et se présente souvent sous mode réactif (donc, paradoxalement, polémique). Autrement dit, en soulignant fortement la relation, l’horizontalité et l’aide mutuelle, la vision systémique peut aller jusqu’à ne plus voir, et même nier la substance individuelle, l’étagement et l’asymétrie (des interactions).
Cette première approche doit maintenant être complétée par une analyse plus poussée de ce qu’implique la symbiose (voire l’endosymbiose) du microbiote avec l’organisme-hôte. Je renvoie à l’article déjà cité et plus développé présent sur le site : « La nature, maîtresse de petitesse. Les microbes présents dans l’organisme vivant (le microbiote) ». L’étude de Marc-André Selosse sur laquelle s’appuie cet article illustre d’ailleurs une posture trop réactivement systémique, nonobstant la puissance très stimulante de sa vision.
Nous sommes donc en attente d’une philosophie du vivant qui soit intégratrice, capable de conjuguer étagement et étalement, individuation et interaction, aide, voire service gratuit, et utilisation, etc.
7) Bibliographie
a) Ouvrages introductifs
Nathalie Caplet, « Les bactéries », La Recherche, hors-série « La biologie en 18 mots-clés », septembre 2006.
– Les dossiers de La Recherche. Microbes, novembre 2010 (41).
– John Herrick, Les bactéries sont-elles nos ennemies ?, coll. « Les Petites Pommes du Savoir » n° 44, Paris, Le Pommier, 2004.
– Lynn Margulis, Symbiotic Planet. A New Look at Evolution, New York, Basic Books, 2000 (sur la symbiogenèse).
– Maxime Schwartz et François Rodhain, Des microbes ou des hommes, qui va l’emporter ?, Paris, Odile Jacob, 2007.
– Astrid Vabert, Hommes et virus, une relation durable ?, coll. « Les Petites Pommes du Savoir » n° 107, Paris, Le Pommier, 2008.
b) Ouvrages de premier approfondissement
Gérard Corthier (éd.), Bonnes bactéries et bonne santé, Versailles, Quæ, 2011.
– Gérard Fonty et Frédérique Chaucheyras-Durand, Les écosystèmes digestifs, Paris, Lavoisier, 2007.
– Jean-Claude Rambaut et al., Flore microbienne intestinale. Physiologie et pathologies digestives, Paris, John Libbey Eurotext, 2004.
Deux ouvrages de fond, traduits de l’américain : Lansing M. Prescott et al., Microbiologie, trad. Jacques Coyette, Jean Dusart, Bruxelles, De Boeck, 2010 (1216 pages !).
– Michael MadiGan et John Martinko, Biologie des microorganismes, trad. dirigée par Daniel Prieu, Paris, Perason Education, 2007 (ce classique américain de 1 047 pages est enfin traduit par une équipe de l’université de Bretagne occidentale. Seul manque : un glossaire).
c) Ouvrages plus spécialisés
Du point de vue scientifique (par exemple sur les virus bactériophages : Alain Dublanchet, Des virus pour combattre les infections. La phagothérapie : renouveau d’un traitement au secours des antibiotiques, Favre, 2009), médical (notamment la thérapie génique : Bertrand Jordan, Thérapie génique, Paris, Odile Jacob, 2007.
– Laurent Ségalat, La thérapie génique, Paris, Ellipses, 2007).
– historique (par exemple Emile Duclaux, Le microbe et la maladie, Paris Masson, 1886.
– Louis Pasteur, Ecrits scientifiques et médicaux, Paris, GF-Flammarion, 1994), philosophique (Claude Debru, Le possible et les biotechnologies, coll. « Science et société », Paris, p.u.f., 2003).
Webographie
Un certain nombre de sites comporte de petites vidéos qui sont des exposés et conférences tous publics sur les microorganismes.
Sur le microbiote
http://tinyurl.com/INRA-la-science-et-vous (ensemble de ensemble de questions-réponses)
– http://tinyurl.com/Conference-genomique (conférence de Jean Weissenbach, directeur du Génoscope, dans le cadre de l’Université de tous les savoirs : « La génomique, nouvel observatoire du monde microbien »)
– http://tinyurl.com/Conference-flore-et-sante (conférence de Gérard Corthier, de l’INRA : « Flore intestinale et santé : quels enjeux ? »). Sur les virus : http://tinyurl.com/face-cachhe-des-virus (explications d’Ali Saïb, virologiste à l’hôpital Saint-Louis dans un film de 9 mn.).
Sur les projets
Le projet MetaHIT : http://tinyurl.com/INRA-MetaHIT
Le projet MicroObes, mené par l’INRA pour déterminer les liens entre nutrition, bactéries intestinales et obésité : www.inra.fr/micro_obes. Exposés sur la thérapie génique : son histoire (http://tinyurl.com/Danos-Therapie-genique), les recherches en cours menées par l’Inserm (http://tinyurl.com/Inserm-Therapie-genique).
Pascal Ide
[1] Bibliographie. Pour une introduction : Nathalie Caplet, « Les bactéries », La Recherche, hors-série « La biologie en 18 mots-clés », septembre 2006 ; Les dossiers de La Recherche. Microbes, novembre 2010 (41) ; John Herrick, Les bactéries sont-elles nos ennemies ?, coll. « Les Petites Pommes du Savoir » n° 44, Paris, Le Pommier, 2004 ; Lynn Margulis, Symbiotic Planet. A New Look at Evolution, New York, Basic Books, 2000 (sur la symbiogenèse) ; Maxime Schwartz et François Rodhain, Des microbes ou des hommes, qui va l’emporter ?, Paris, Odile Jacob, 2007 ; Astrid Vabert, Hommes et virus, une relation durable ?, coll. « Les Petites Pommes du Savoir » n° 107, Paris, Le Pommier, 2008. Pour un premier approfondissement : Gérard Corthier (éd.), Bonnes bactéries et bonne santé, Versailles, Quæ, 2011 ; Gérard Fonty et Frédérique Chaucheyras-Durand, Les écosystèmes digestifs, Paris, Lavoisier, 2007 ; Jean-Claude Rambaut et al., Flore microbienne intestinale. Physiologie et pathologies digestives, Paris, John Libbey Eurotext, 2004. Deux ouvrages de fond, traduits de l’américain : Lansing M. Prescott et al., Microbiologie, trad. Jacques Coyette, Jean Dusart, Bruxelles, De Boeck, 2010 (1216 pages !) ; Michael MadiGan et John Martinko, Biologie des microorganismes, trad. dirigée par Daniel Prieu, Paris, Perason Education, 2007 (ce classique américain de 1047 pages est enfin traduit par une équipe de l’université de Bretagne occidentale. Seul manque : un glossaire). Enfin, certains livres sont plus spécialisés, du point de vue scientifique (par exemple sur les virus bactériophages : Alain Dublanchet, Des virus pour combattre les infections. La phagothérapie : renouveau d’un traitement au secours des antibiotiques, Favre, 2009), médical (notamment la thérapie génique : Bertrand Jordan, Thérapie génique, Paris, Odile Jacob, 2007 ; Laurent Ségalat, La thérapie génique, Paris, Ellipses, 2007) ; historique (par exemple Emile Duclaux, Le microbe et la maladie, Paris Masson, 1886 ; Louis Pasteur, Ecrits scientifiques et médicaux, Paris, GF-Flammarion, 1994), philosophique (Claude Debru, Le possible et les biotechnologies, coll. « Science et société », Paris, p.u.f., 2003).
Webographie (un certain nombre de sites comporte de petites vidéos). Exposés et conférences tous publics sur les microorganismes. Sur le microbiote : http://tinyurl.com/INRA-la-science-et-vous (ensemble de ensemble de questions-réponses) ; http://tinyurl.com/Conference-genomique (conférence de Jean Weissenbach, directeur du Génoscope, dans le cadre de l’Université de tous les savoirs : « La génomique, nouvel observatoire du monde microbien ») ; http://tinyurl.com/Conference-flore-et-sante (conférence de Gérard Corthier, de l’INRA : « Flore intestinale et santé : quels enjeux ? »). Sur les virus : http://tinyurl.com/face-cachhe-des-virus (explications d’Ali Saïb, virologiste à l’hôpital Saint-Louis dans un film de 9 mn.). Exposés sur les projets. Le projet MetaHIT : http://tinyurl.com/INRA-MetaHIT. Le projet MicroObes, mené par l’INRA pour déterminer les liens entre nutrition, bactéries intestinales et obésité : www.inra.fr/micro_obes. Exposés sur la thérapie génique : son histoire (http://tinyurl.com/Danos-Therapie-genique), les recherches en cours menées par l’Inserm (http://tinyurl.com/Inserm-Therapie-genique).
[2] Cf., par exemple, Helen W. Boucher, George H. Talbot, John S. Bradley, John E. Edwards, David Gilbert, Louis B. Rice et al. « Bad bugs, no drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America », Clinical Infectious Diseases, 48 (2009) n° 1, p. 1-12.
[3] Lynn Margulis et Dorion Sagan, L’univers bactériel. Les nouveaux rapports de l’homme et de la nature, trad. Gérard Blanc et Anne de Beer, coll. « Sciences d’aujourd’hui », Paris, Albin Michel, 1989, p. 23. La traduction dit « sont composés ».
[4] Chiffres donnés par Dusko Ehrlich, Les dossiers de La Recherche. Microbes, novembre 2010 (41), p. 25.
[5] Cf. Thierry Heldmann, « L’origine virale du placenta », Les dossiers de La Recherche. Microbes, p. 18-21.
[6] Pour un exposé scientifiquement référencé et pédagogique, cf. le site http://www.infectiologie.com/site/medias/JNI/JNI11/CT/JNI2011-phagotherapie-Dublanchet.pdf
[7] Cf. la réédition de l’ouvrage d’Hérelle publié la première fois en 1921 : Félix d’Hérelle, Le bactériophage. Son rôle dans l’immunité, Kessinger Publishing, 2010.
[8] Cf. Alain Dublanchet, Des virus pour combattre les infections. La phagothérapie : renouveau d’un traitement au secours des antibiotiques, Favre, 2009.
[9] Philippe Langella, interview par Cécile Klinger, Les dossiers de La Recherche. Microbes, p. 10.